PRRSV是世界上被测序最多的病毒之一

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在养殖业中，有一种病毒的基因组被测序的次数之多，令人难以置信——它就是猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（PRRSV-2）。

明尼苏达大学的Kim VanderWaal博士表示，一种影响猪的疾病——猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（PRRSV-2），是世界上被测序最多的病毒之一。对于养猪业外的人来说，这可能是个冷门知识，但对于业内人士来说，这并不意外。因为在这个行业中，病毒序列数据的应用已经远远超过了人类医学的范畴。

当人类感染普通感冒时，通常不会进行病毒基因测序，更不用说用它来指导治疗。但在猪养殖业，情况完全不同。一旦农场暴发PRRSV-2，兽医们经常对病毒进行基因测序，以此来追踪病毒的来源、监测其传播，并制定相应的管理策略。

图1 全球30种被测序最多的病毒的公开可用序列数量（以千为单位）。病毒根据其主要关注领域着色，即兽医学、人类医学，或因其从动物传播给人类的潜力（即人畜共患病）

我们最近统计了NCBI Genbank中所有公开可用的病毒序列。正如预期的那样，与人类大流行相关的病毒，如SARS-CoV-2、HIV和流感病毒，是全球被测序最多的病毒。根据NCBI Genbank的数据，PRRSV-2已经成为全球测序最多的病毒之一。截至2024年，它以超过37,000个公开序列排名全球第11位，是所有兽医相关病毒中测序最多的。

此外，在美国，绝大多数PRRSV-2序列并未录入公共数据库。这些序列主要由收费诊断实验室生成，而非源于研究或政府资助的监测项目。根据多篇关于PRRSV-2遗传多样性的论文所报告的诊断实验室工作量，实际序列数量保守估计超过10万条。其中，绝大多数是标记基因ORF5的序列，而非完整的基因组序列。

在由美国猪兽医协会（AASV）开展的一项调查中，从业者被要求对提交样本进行测序的前四大理由进行排名（图2），选择范围涵盖群内监测、农场间传播和免疫学考量等方面。从调查结果来看，推动现场对如此多的PRRSV病毒进行测序的主要原因在于：在同一农场或流程中区分既往与新的PRRSV毒株；在流行病学调查中确定可能的引入来源；以及追踪新型和新兴遗传变异体的传播。

图2 当被问及提交样本进行测序的前四个原因时，从业者回复的总结（n=92），其中1为最高

免疫学考虑对从业者来说不太重要，可能是因为从ORF5序列预测交叉保护或临床影响的难度较大。也就是说，如果序列数据能与通常对非农业病原体不可用的强大的元数据结合，那么PRRSV-2可用的大量序列为我们提供了一个独特的窗口，以了解病毒的进化及其遗传变化的影响。

这项工作得到了美国-英国NIFA-NSF-NIH-BBSRC传染病生态学和进化奖、美国农业部食品和农业系统数据科学以及美国猪兽医协会的支持。

参考链接：https://www.nationalhogfarmer.com/livestock-management/surprising-but-true-prrsv-one-of-the-most-sequenced-viruses-in-the-world