特定的微生物特征或能增强仔猪对PRRSV-1的抵抗力

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材料和方法

该研究在一家1400头母猪的猪场进行，该猪场于2021年12月遭遇了一种高致病性PRRSV-1毒株的侵袭。研究人员利用在产房和保育舍定期监测呼吸道病原体时，对来自不同窝的31头三周龄PPRSV感染仔猪进行了细致检查。

待保育期结束，将这些仔猪区分为存活组（S）和非存活组（D）。通过 RT-qPCR技术确认了PRRS以及IAV（猪流感病毒）感染情况，同时对鼻拭子的DNA进行了16S rRNA测序。

后续运用QIIME2软件开展生物信息学分析，精准确定了微生物的多样性、丰富度以及分类学特征，并借助统计测试和多样性指标（例如Chao1和Shannon指数）对各组别进行了全面比较。此外，利用Songbird、ANCOM以及PICRUSt2工具分析了差异丰富的分类群和推测的功能途径。最终，在RStudio平台中完成了微生物组数据的整合与可视化工作。

结果与讨论

S组和D组猪仔的鼻腔微生物群组成存在显著差异。存活猪仔表现出更高的菌群丰富度（Chao1指数，P=0.001），但多样性相似（Shannon指数，P=0.66）。β多样性分析显示出S组和D组之间的明显聚类，微生物差异部分受母猪不同窝次影响。有趣的是，D组中肠杆菌科和大肠杆菌的丰度更高。

图1 使用chao1指数测量S（绿色）和D（红色）组的α多样性

疫情暴发前样本根据存活结果表现出类似的聚集情况，这表明微生物群差异早于PRRSV-1暴发，并且与整体存活率增加有关。母猪微生物群也因窝产存活率以及疫情暴发前后的时期存在差异，将微生物群组成跨代联系起来。

原文链接：https://umnswinenews.com/2025/02/21/nasal-microbial-diversity-is-associated-with-survival-in-piglets-infected-by-a-highly-virulent-prrsv%e2%80%911-strain/